1876, il capitano americano Nathan Agren (Tom Cruise) viene coinvolto dall’imperatore del Giappone nella lotta intestina tra l’esercito giapponese e gli ultimi samurai dissidenti che si rifiutano di veder traghettare il Giappone nel nuovo secolo con tutte le migliorie tecnologiche del caso a spese di una cultura millenaria che si basa su onore e tradizione.
Agren è un uomo inquieto afflitto da depressione e alcolizzato, le stragi perpetrate con la divisa dell’esercito staunitense ed il senso di colpa ne divorano l’anima in perenne pena, e così la proposta di addestrare l’esercito giapponese all’utilizzo delle armi da fuoco e delle nuove tecniche di combattimento lo porta lontano da casa, alla corte dell’imperatore.
Ben presto la coscienza di Agren sopita dall’alcool si risveglierà, e dopo uno scontro con i samurai in cui Agren ferito viene fatto prigioniero, conoscerà attraverso la figura di Katsumoto (Ken Watanabe) e dei suoi valorosi samurai ribelli, la profondità e la forza delle tradizioni che ne muovono le azioni e che porterà il capitano ad unirsi a loro in un’epica battaglia finale.