Il giovane Arthur (Freddie Highmore), reduce dall’avventura che lo visto salvare il popolo dai Minimei dalle mire del malavagio Maltazard, è impegnato in una cerimonia di iniziazione per entrare in simbiosi con la natura e il suo nuovo mini- alter ego, quando riceve una richiesta d’aiuto scritta su un chicco di riso, consegnato da un ragno, messaggio che sembra provenire dal’amata principessa Selenia.
La richiesta di aiuto purtroppo arriva in concomitanza con la decisione del padre, spazientito dalla vita di campagna, di far ritorno in città, cosa che mette in allarme Arthur che si troverà costretto ad escogitare uno stratagemma per convincere i genitori a lasciarlo nella fattoria dei nonni, così da poter correre in soccorso di Selenia.
Sistemata la pratica genitori, Arthur tornerà alla sua vita in miniatura, ma una volta giunto a destinazione scoprirà non solo che una nuova minaccia incombe sul mondo dei Minimei, ma la reale provenienza del messaggio ricevuto.
