Nel 2199, dopo cinque anni di attacchi da parte di una razza aliena conosciuta come Gamilas, la Earth Defense Force lancia una controffensiva in prossimità di Marte, ma i Gamilas hanno la meglio sulla flotta terrestre decimandola. Sulla Terra Susumu Kodai (Takuya Kimura) nonostante il pericolo rappresentato dalle radiazioni, che hanno reso la superficie della Terra inabitabile, in cerca di rottami si imbatte in una capsula aliena che si schianta a pochi metri da lui ed irradia la zona circostante purificandola dalle radiazioni e rendendo l’aria respirabile. La capsula esaminata rivelerà un messaggio, alcuni dati tecnici e delle coordinate per il pianeta Iskandar, dove si troverebbe la soluzione all’avvelenamento della Terra che a quanto pare potrebbe essere decontaminata. Allo scopo di raggiungere Iskandar verrà scelta l’astronave da bettaglia Yamato che dotata di avanzatissima tecnologia aliena diventerà l’ultima speranza per la Terra e tutti i suoi abitanti condannati ad una fine certa.
