Dopo un rocambolesco prologo nello Utah, dove conosceremo infanzia e origine della passione per l’archeologia di un giovane Indiana Jones versione boy-scout, ci ritroviamo ventisei anni anni dopo, all’indomani del recupero caldeggiato per decenni di un’antica reliquia, la croce di Coronado e di fronte ad una nuova missione per l’archeologo e avventuriero indiana Jones (Harrison Ford), dimostrare l’esistenza e recuperare nientemeno che il Santo Graal, mistica reliquia che la leggenda vuole avere le fattezze di un calice dal quale Gesù bevve durante l’ultima cena.
Il professor Jones conosce sin troppo bene la mitologia legata al Graal, una leggenda per cui suo padre Henry (Sean Connery) ha speso una vita intera, una ricerca divenuta una vera ossessione per una figura paterna latitante e sin troppo severa, ma nonostante il conflitto interiore, l’incredibile reperto rinvenuto dal miliardario Walter Donovan (Julian Glover) spinge l’archeologo a lanciarsi nell’ennesima spericolata missione di recupero, che lo porterà da Venezia alla Turchia, inseguito dai nazisti e accompagnato dal padre sulle tracce di un vero e proprio mito.